会社を辞めたジャクソンさんは、ユタ州立大学の大学院で生態学を学びます。生態学は環境科学の入り口になる学問であり、将来のキャリアのためにも生態学の博士号が必要だと考えたからです。ユタ州立大学に進んだ理由は、研究に適した自然が豊かな場所だったこと、そしてユタ州に近いイエローストーン国立公園で鳥類学の研究をしていた、のちの妻サリーさんと一緒に暮らすためでした。
植物の根も土の中にいる多くの微生物も、お互いに影響を持ちながら、二酸化炭素やメタンの土から大気への放出を左右します。ユタ州立大学での研究は、植物が土の中でどのように養分や水分を吸収しているのか、つまり植物の「根」の世界に深く入っていくものでした。この研究は、のちに彼が「根」に関する生物学と生態学の第一人者となるための土台となりました。